Računovodstvo državnih potpora uređeno je pravilima financijskog izvještavanja. Računovodstvo državnih potpora za velike poduzetnike koji primjenjuju Međunarodne standarde financijskog izvještavanja (MSFI) uređeno je MRS-om 20 Računovodstvo za državne potpore i objavljivanje državne pomoći. MRS-om 41 Poljoprivreda uređene su državne potpore u poljoprivredi za velike poduzetnike. Prema MRS-u 20 možemo razlikovati dva pristupa priznavanja potpora: kapitalni pristup prema kojem državne potpore su financijski mehanizam i kao prema takvima treba postupati u bilanci i dobitni pristup prema kojem poduzeće treba zadovoljiti određene uvjete i ispuniti predviđene obveze te se državne potpore priznaju u prihode sustavno i racionalno kroz razdoblja potrebna da se povežu s odnosnim troškovima. Potpore povezane s materijalnim sredstvima koja se amortiziraju obično se raspoređuju u prihod u razdobljima i u omjerima u kojima se tereti amortizacija na ta sredstva.

Primitak potpore sam po sebi ne pruža konačan dokaz da su uvjeti koji se tiču potpore ispunjeni ili će biti ispunjeni. Državna potpora ne priznaje se u računu dobiti i gubitka sve dok ne postoji dovoljno jamstvo da će poduzeće zadovoljiti uvjete koji se za nju traže, i da će potpora biti primljena.

Računovodstvo državnih potpora za male i srednje poduzetnike koji primjenjuju Hrvatske standarde financijskog izvještavanja (HSFI) NN 86/15 uređeno je kroz:

HSFI 5 Dugotrajna nematerijalna imovina 5.23. U slučaju stjecanja nematerijalne imovine pomoću državne potpore nematerijalna imovina može biti stečena bez naknade, ili uz minimalnu (neznatnu) naknadu. Poduzetnik u početku može odlučiti priznati nematerijalnu imovinu i potporu po fer vrijednosti. Ako poduzetnik odluči da u početku neće priznati imovinu po fer vrijednosti, poduzetnik početno priznaje imovinu po trošku nabave.

HSFI 11 Potraživanja 11.18. Državne potpore jesu pomoći države u obliku transfera resursa poduzetniku u zamjenu za prošlo ili buduće zadovoljavanje određenih uvjeta koji se tiču poslovanja poduzetnika.

11.27. Potraživanja za državnu potporu za nadoknadu rashoda ili gubitaka koji su već nastali, ili u svrhu pružanja trenutne financijske podrške poduzetniku bez budućih povezanih troškova, treba priznati kao prihod razdoblja u kojem je potraživanje nastalo.

HSFI 14 Vremenska razgraničenja 14.7. Državne potpore su pomoći države u obliku transfera resursa poduzetniku u zamjenu za prošlo ili buduće zadovoljavanje određenih uvjeta koji se tiču poslovanja poduzetnika. Državne pomoći isključuju one oblike državne pomoći kojima nije moguće na razborit način utvrditi vrijednost i transakcije s državom koje se ne mogu razlikovati od normalnih poslovnih transakcija poduzetnika.

14.21. Državne potpore povezane s imovinom, uključujući nenovčane potpore po fer vrijednosti, trebaju se prezentirati u bilanci ili iskazivanjem odgođenog prihoda ili tretiranjem kao odbitne stavke pri izračunavanju knjigovodstvenog iznosa te imovine, osim državnih potpora za biološku imovinu koja se naknadno mjeri po fer vrijednosti u skladu s HSFI 17.

4.22. Kad je riječ o potporama (ili odgovarajućim dijelovima potpora) povezanih s imovinom, osim biološke imovine u skladu s HSFI 17 – Poljoprivreda, prihvaćaju se dvije metode:

  1. jedna metoda iskazuje potporu kao odgođeni prihod koja se priznaje kao prihod na sustavnoj i racionalnoj osnovi tijekom vijeka upotrebe imovine;
  2. druga metoda oduzima potporu pri izračunavanju knjigovodstvenog iznosa imovine. Potpora se priznaje kao prihod, tijekom vijeka upotrebe imovine koja se amortizira, smanjenjem troška amortizacije.

HSFI 15 – Prihodi  – 15.37. i 15.38.

HSFI 17. Poljoprivreda u točkama 17.14, 17.15 i 17.16. detaljnije definira državnu potporu vezanu uz biološku imovinu.

Proračunski korisnici pri financijskom izvještavanju i računovodstvenim evidencijama primjenjuju Pravilnik o proračunskom računovodstvu i računskom planu s pripadajućim izmjenama te Pravilnik o financijskom izvještavanju u proračunskom računovodstvu dok neprofitne organizacije primjenjuju Zakon o financijskom poslovanju i računovodstvu neprofitnih organizacija, pripadajuće Pravilnike  te ostale relevantne propise. Ministarstvo financija ujedno je okružnicama i uputama dodatno reguliralo način računovodstvenog evidentiranja EU projekata te je propisalo obveze i način knjiženja EU sredstava u sustavu proračuna te su isti dostupni na mrežnim stranicama MFIN-a.